По легенде первая церковь в честь Михаила Архангела ( покровитель воинов) была построена из бруса ростовским князем Константином Всеволодовичем в 1216 году и прослужила она целых 79 лет. После на том же месте княгиней Анной (женой князя Федора Ростиславовича ) было создано новое деревянное здание храма. Он находился на холме вблизи реки Которосли, на западе посада. Каменное здание храма строилось на протяжении двадцати пяти лет с середины 17-го века, и это наложило большой отпечаток на внешний вид здания, в котором соединились признаки ярославской церковной архитектуры двух периодов 17-го века.
Крайне высокий подклет храма был складом для товара, и это объясняется расположением его на берегу реки Которосли вблизи Торговой площади. Детали более позднего периода – это большие барабаны и главы, высота окон, декоративные закоморы с четырехскатным покрытием, украшение крыльца изразцами. Внутреннее убранство обеспечено росписями ярославских мастеров в 1731 году под руководством Федора Федорова в стиле повествования. Реставрация храма произошла в советское время, в 1992 году он передан православной церкви.